Deine sozialistischen Ansichten sind wie immer bemerkenswert. Zunächst einmal gilt wohl auch in der Schweiz der Grundsatz der Privatautonomie, d.h. zwei Vertragspartner können sich grds. frei entscheiden, mit wem und wie lange sie vertraglich verbunden bleiben wollen. Diese Autonomie ist durch die Arbeitnehmerschutzrechte nicht unerheblich eingeschränkt, was ja im Grundsatz auch in Ordnung ist, aber dennoch in einer freiheitlichen Gesellschaft immer begründungsbedürftig. Somit wird also umgekehrt ein Schuh daraus, nicht die Kirche müsste eine Sonderstellung begründen, sondern der Staat muss begründen, wieso er die Kirche zwingen will, Personen zu beschäftigen, mit denen sie aus welchen Gründen auch immer vertraglich nicht verbunden bleiben möchte und denen die Haltung der Kirche zu diesem Punkt bei Eingehung des Arbeitsverhältnisses auch ausdrücklich bekannt gewesen sein dürfte. Und hier spielt die ebenfalls gesetzlich geschützte Freiheit der Religionsausübung die entscheidende Rolle dahingehend, dass dieser Fall eben nicht vergleichbar mit jedem anderen Fall ist.
Dass die Sonderstellung der Kirchen und das kirchliche Arbeitsrecht rechtmäßig sind, wurde im Übrigen auch in den letzten Jahren immer wieder durch Gerichte bestätigt, stimmt also offensichtlich mit staatlichem Recht überein. Was natürlich manche Leute nicht hindert, es trotzdem immer wieder zu versuchen.